島津の"戦国版戦車"──【亀甲車】軍団との戦いが終わり、一郎太一行の元に訪れる束の間の平穏。
しかし、そんな彼らの元に、関白・羽柴秀吉からの文が届く。
文によると、瀬戸内海で秀吉旗下の軍船が相次いで沈められ、しかも、目撃者は、「【幽霊船】にやられた」と証言しているのだ。
【幽霊船】などというものが、果たしてこの世に存在するのか......！？
真偽を確かめるべく、一郎太たちは瀬戸内海へと向かうが、調査は困難を極める。そして、途方に暮れる一郎太たちにも、【幽霊船】の魔の手が忍び寄っていた......。
舞台は再び瀬戸内に移り、物語は核に迫る。