多くの被害を出した「黒く蠢くもの」事件から２か月後――。
伊豆半島でその件にかかわる調査を進めていた主人公の五祝神奈が、国家転覆を進めるある教団の関係者だと噂が流れ、逮捕命令が下されてしまう。
神奈たち不在の隙を突くように、東京・丸の内に「地母神が産みし数千の黒き仔山羊」という怪物が出現。陸上自衛隊・臨時首都防衛集団と怪物の戦いが都内で繰り広げられ、戦後初めて首都に戦車砲の砲声が響き渡る。
首都潰滅目前に、数百万の携帯電話から立ち上った朱い煙はなにを意味するのか!?