米国の採石場で人知れず働く一人の男がいた。彼の名はウィン。かつてアトランチス島を攻略した冒険家であったが、兄弟子であるルイスの策略によって、うだつのあがらない日々を過ごしていた。そんな彼の元に、ウィンの師匠の娘・ハナが現れ、新聞の一面を突きつける。
──アトランチス島復活!?
一度は沈めたアトランチス島が、何故か再浮上したというのだ。師匠の無念を晴らすため、そしてアトランチスの謎を解き、再び沈めるため、ウィンは再び"ボン"を片手にアトランチスへの冒険に望むのだが......そこにはある陰謀が張り巡らされていたのだった。