Aos 16 anos, Maggie Hughes faz algo imperdoável aos olhos da família: apaixona-se e engravida. O nome do rapaz é Gabriel e a relação de ambos é proibida. A bebé vai chamar-se Elodie e não conhecerá o amor dos pais.
Em vez disso, é enviada para um orfanato miserável, onde cresce sem saber o que é ter um lar e uma família. E quando uma lei atribui mais dinheiro aos hospitais psiquiátricos do que aos orfanatos, a situação de Elodie piora dramaticamente. Juntamente com milhares de outros órfãos, é declarada "atrasada mental". O orfanato transforma-se num "hospital" onde as crianças são submetidas a "tratamentos" para doenças que não têm, as janelas estão cobertas por grades e as aulas são substituídas por trabalho pesado.
Maggie, entretanto, faz os possíveis por ter uma vida normal. Mas não consegue esquecer a bebé que foi forçada a abandonar. Após um encontro inesperado com Gabriel, que faz ressurgir memórias avassaladoras do passado, ela decide enfrentar a sua perda. E começa então uma busca desenfreada pela sua menina e pela vida que lhes foi negada...
Joanna Goodman baseou-se em factos reais e na história da sua família para escrever A Casa das Meninas Indesejadas. Um romance que relata um momento negro da História e que é universal na abordagem aos laços indestrutíveis que unem mães e filhas.