L'organicità della trattazione fa pensare che lo stesso Leonardo avesse concepito il "Trattato", suddividendolo in due macrosezioni: una prima teorica, dove si affermano i principi filosofici e ideali della pittura paragonandola anche alle altre arti meccaniche e liberali, con i principi dell'applicazione della prospettiva (lineare, aerea e cromatica), di luci e ombre; una seconda pratica, in cui Leonardo dà una serie di consigli e precetti al giovane pittore, su come assimilare le proporzioni di corpi e figure, e sulla rappresentazione dei moti e degli elementi naturali.
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