Semua jenis ternakan akuakultur, terutamanya ikan dan udang mudahterdedah kepada jangkitan bakteria yang mana boleh menyebabkan wabakpenyakit dan kematian yang tinggi. Sejarah penyakit, pemerhatian tandatanda klinikal atau simptom-simptom pada ikan dan udang yang dijangkitidapat memberi gambaran tentang patogen–patogen yang terlibat dalamserangan sesuatu penyakit. Keadaan patologi yang biasa dilaporkandi dalam kes ikan yang sakit akibat jangkitan bakteria ialah luka, ulser,hemoraj septisemik akut dengan kematian yang tinggi, dan granulomadengan kematian yang rendah dan berterusan. Masalah utama penyakitternakan ikan dan udang yang disebabkan oleh jangkitan bakteria yangmerbahaya ialah tanda-tanda klinikal dan patologi yang hampir sama padaikan yang sakit. Oleh yang demikian, amatlah sukar untuk mendiagnosadan mengecam bakteria yang terlibat dengan cepat dalam sesuatujangkitan penyakit berdasarkan tanda-tanda klinikal dan patologi. Maka,pemeriksaan bakteriologi diperlukan untuk pengecaman patogen yangterlibat secara spesifik dalam sesuatu jangkitan penyakit.Dalam kebanyakan kes kematian ikan atau penyakit ikan, jangkitanbiasanya tersebar ke seluruh populasi ikan yang berkongsi akuarium, tangki,sangkar atau kolam yang sama. Dalam keadaan ini, tahap keseriusanpenyakit mungkin berbeza pada setiap individu ikan di dalam persekitaranyang sama. Maka, diagnosa jangkitan bakteria mestilah bermula daripadapemeriksaan ikan yang terpilih untuk dikorbankan daripada populasi yangdijangkiti. Rawatan yang sesuai dan langkah-langkah pencegahan penyakitdapat dilakukan terhadap populasi ikan yang dijangkiti.Prosedur makmal untuk pemencilan dan pengecaman bakteriadaripada ikan secara amnya adalah sama seperti yang digunakan dalampemeriksaan penyakit bakteria pada haiwan mamalia dan manusia. Teknikpenyampelan yang aseptik diguna pakai untuk pemeriksaan spesimen ikandiikuti dengan pemencilan kultur bakteria, pencirian fenotip, dan pencirianserologi. Beberapa pengubahsuaian seperti suhu eraman yang rendah,pengubahsuaian kandungan media dan beberapa ujian biokimia yangdigunakan supaya sesuai untuk pemeriksaan ikan marin, air payau dan airtawar. Bakteria akuatik yang berkait rapat dengan haiwan berdarah sejukbiasanya tumbuh lebih perlahan berbanding dengan bakteria yang dipencildaripada haiwan berdarah panas.Secara amnya, definisi penyakit adalah satu proses di manabadan mengalami perubahan samada dari segi fizikal dan tingkah laku yang disebabkan oleh faktor-faktor yang mungkin diketahui ataupuntidak. Penyakit akan menyebabkan ikan hilang selera makan, terencatpertumbuhan, penurunan kadar penukaran makanan (Feed ConversionRatio, FCR), kurang penghasilan benih ikan dan kematian.Penyakit boleh terjadi akibat daripada gabungan beberapa faktor.Contohnya, penyakit pada ikan yang mulanya disebabkan oleh satu faktorutama, iaitu faktor primer tetapi faktor ini tidak jelas kerana diselindungi olehsatu faktor yang lain. Dalam kes sedemikian, faktor kedua boleh menjadifaktor sekunder di mana ianya bersifat oportunistik, iaitu ia mengambilkesempatan ke atas kesihatan ikan akibat daripada kesan faktor primerdan seterusnya menyebabkan penyakit. Maka amatlah penting untukmengetahui faktor sebenar yang menyebabkan penyakit pada ikan sebelumsesuatu rawatan diberikan.