船島の人造人間製造施設を破壊した小次郎たち。その小次郎に、武蔵は、試合を申し込む。人間として剣士として大きく成長した武蔵は、小次郎との戦いに剣ではなく木刀で臨む。人の命の尊さを学ぶために! かつてないパワーで放たれる二天一流の威力の前に死を覚悟したとき、志乃の心の声が、小次郎を五神燕星をも超越する究極の奥義へと導く! 小次郎は再び志乃に会うことができるのか?! 華麗なる超時代劇長編ファンタジー･シリーズ、感動のフィナーレ!