Das Blut der jungen Charlotte de la Cruz birgt ein Geheimnis in sich, denn einer ihrer Vorfahren lebte zu der Zeit, als die Hexenprozesse von Salem stattfanden: Tom Stoddard, ein Assassine, der dunkle Machenschaften bezeugen kann, deren Auswirkungen sich bis auf den heutigen Tag erstrecken. Für die Bruderschaft der Assassinen wird Charlotte damit eine wertvolle Verbündete, denn mit der geraubten Animus-Technologie sind sie in der Lage, auf die Erinnerungen ihrer Vorfahren zuzugreifen und die Geschichte umzuschreiben. Doch die Templer, die Erzfeinde der Assassinen, wollen das um jeden Preis verhindern.