لقد أهملت اتفاقية التريبس حماية التنوع البيولوجى والمعارف التقليدية المتصلة بها، بل قد لا نخطئ إذا قلنا أن أحكام اتفاقية التريبس تتعارض مع اتفاقية التنوع البيولوجى التى تعد ذات أهمية خاصة بشأن حماية المعارف التقليدية والتنوع البيولوجى، وهذا أدى إلى الخلاف بين الدول المتقدمة التى ترغب في عدم تقوية حماية التنوع البيولوجى والمعارف التقليدية، بل ومحاولة الاستيلاء على هذه الثروات بدون مقابل وبين الدول النامية التى ترغب في المحافظة على ثرواتها البيولوجية والاستفادة منها قدر الإمكان.