Silêncio, cuja acção decorre no século XVII, conta-nos a história de um missionário português envolvido na aventura espiritual da conversão dos povos orientais, o qual acaba por apostatar, após ter sido sujeito às mais abomináveis pressões das autoridades japonesas, para evitar que um grupo de fiéis seja por ordem delas torturado até à morte. Antes de chegar ao Japão, a sua viagem leva-o a Goa, depois a Macau e, finalmente, a Nagasáqui e Edo, em etapas que pouco a pouco o transportam a esse Oriente hostil, onde no entanto já se contam alguns milhares de convertidos à fé católica. Aí descobre, na luta contra as pessoas e o ambiente adversos, a verdadeira fé, liberta de todo o aparato externo, eclesiástico ou mundano. E aí acaba por experimentar a derradeira solidão, que é o destino daqueles que quebram a comunhão com o que mais profundamente marca a sua identidade.