L'avventura narrata ne L'isola misteriosa inizia durante l'assedio di Richmond, nel periodo della Guerra di Secessione americana. Un gruppo di cinque prigionieri civili nordisti (un giornalista, un ingegnere, un marinaio, uno schiavo di colore liberato e un ragazzo) decide di fuggire dalla città in una maniera coraggiosa e bizzarra: rubando un pallone aerostatico durante un uragano. Dopo numerosi giorni di volo in balia della tempesta, il gruppo naufraga su un'isola vulcanica del Pacifico meridionale non segnata sulle mappe e fuori dalle principali rotte, che chiameranno Isola Lincoln, in onore del presidente americano. Con l'aiuto del geniale ingegnere Smith, i cinque sono in grado di sopravvivere sull'isola, producendo di tutto: fuoco, ceramiche, mattoni, nitroglicerina, ferro e semplici congegni elettrici. Inoltre si ricavano in alcune grotte una confortevole residenza: il Palazzo di Granito. Tentano di costruire una nave per affrontare il mare, ma si scontrano con le avversità della natura e con una ciurma di pirati. Infine l'isola esplode in un'apocalittica eruzione vulcanica e...
Jules Verne ripercorre in questo romanzo il cammino della specie umana dalla preistoria alla moderna tecnologia in un tripudio d'ingegnosità, coraggio e tenacia.