El separatista narra la difícil relación de una pareja en los agitados años previos a la independencia cubana. Él es criollo, llamado a forjar las bases del incipiente estado. Ella es española, viuda de un capitán de la armada.Según López Bago, El separatista (1895), iba a ser la primera entrega de una tretalogía destinada a retratar la realidad cubana, que sin embargo no tuvo continuación. Pero sin duda se trata una de sus obras más notables y también de las más escandalosas, por su contenido político, en una época de revueltas secesionistas en la que Cuba era aún colonia española. A pesar de las ideas partidistas del autor, por su prodecencia peninsular, trata con valentía y descaro el tema de la independencia cubana, al contrario de lo que era costumbre en España, cuyos gobernantes y pensadores preferían negar los hechos y mirar para otro lado. Esta actitud le valió la persecución política de su obra. Para muestra de su talante abierto y dialogante, el último capítulo de la novela, donde alude al texto de Benjamín Franklin, titulado con esa fina ironía propia de la literatura humorística inglesa: «Reglas para empequeñecer un gran Imperio».