Quando gli dei torneranno si ispira agli scritti di Sitchin e alle sue teorie sull'origine della civiltà sumera e la storia si dipana su un doppio piano temporale: trentamila anni fa ed oggi.
Trentamila anni fa, il mitico popolo degli Anunnaki, abitante del pianeta Nibiru, arriva sulla Terra alla ricerca di oro, indispensabile per stabilizzare l'atmosfera del loro pianeta. Uno di loro, Enki, rivela in un diario le motivazioni che li hanno spinti a stimolare l'evoluzione di scimmie terrestri, e ad agire quasi come "Dei", creando l'Homo Erectus prima e l'Homo Sapiens poi.
A causa dell'indole violenta dell'uomo, gli Anunnaki decidono però di eliminare la razza che hanno creato, inondando il bacino naturale in cui vive, corrispondente all'odierno Mar Nero.
Enki, convinto che nell'uomo ci sia comunque del buono, salva l'umanità dall'inondazione spiegando a Noè che cosa deve fare.
Il suo obiettivo è aiutare l'umanità perché riesca a vivere pacificamente e in armonia con il pianeta fino al prossimo passaggio di Nibiru all'interno del sistema solare.
Quando gli Dei torneranno, secondo Enki, troveranno una società umana giusta e armonica.
Nel presente, un finanziere italiano appassionato di archeologia, Luca Terenzi, è entrato in possesso di un antico manoscritto, proprio il diario di Enki.
Terenzi è convinto che, quando gli Anunnaki torneranno nei pressi della Terra, tra circa duecento anni, completeranno la distruzione dell'uomo. Decide così di dare una "speranza" all'umanità costringendola a un nuovo inizio e, con la collaborazione di una setta religiosa, i "Servi di Cristo", progetta la distruzione della quasi totalità degli esseri umani.
A contrastarlo, soltanto un giovane giornalista freelance, con l'aiuto dell'amica e compagna Elisabetta. Poche forze, di fronte alla determinazione (e ai fiumi di denaro) di cui dispone la setta.
Ma l'umanità merita davvero di essere salvata?
Che cosa accadrà se gli "Dei" Anunnaki torneranno davvero?