В средновековна Япония имало няколко десетки семейства от провинциите Ига и Кога, специализирани в нинджуцу. Повечето от тях принадлежали към категорията "гоши" - нисша прислойка на самурайската класа със собствени наследствени имения. В Кога клановете гоши били 53. В Ига господствали три рода нинджа – Хатори, Момоти и Фуджибаяши. Към втората половина на XV век Япония навлязла в период на нескончаеми войни. Вече имащите опит във воденето на "малки войни" гоши от Ига и Кога разполагали с великолепно тренирани отряди шиноби. Именно тогава те решили да превърнат изкуството си в бизнес, отдавайки "под наем" професионални шпиони и убийци. След като били разбити от Ода Нобунага, нинджите се пръснали из цялата страна и създали нови школи по нинджуцу. С идването на власт на шогуните от династията Токугава и установяването на траен мир върху японските острови, започнал бавния упадък на нинджуцу: за тях оставало все по-малко поле за дейност. Част от нинджите постъпвали на служба при шогуната като тайни агенти (мецуке), други формирали шпионски отряди в армията. Те не били само хладнокръвни наемни убийци и шпиони, както се опитват да ги представят някои автори. Не случайно тяхното изкуството се е съхранило повече от 1300 години. Ключът в това изкуство е техният девиз: "Търпението над всичко!".