Dans les Lettres à M. de Blyendbergh, marchand de Dordrecht qui s'intéressait à la théologie, Spinoza revient sur la question du Mal, sur ses formulations oiseuses. Une vieille affaire, en effet, pour la philosophie et la théologie : le Mal est-il ? N'est-il que la privation du Bien (privatio boni) ? Comment Dieu a-t-il pu créer Adam pécheur ? Comment concevoir à la fois un Dieu bon et la présence du Mal ?

Dans la Lettre à M. Louis Meyer, docteur en philosophie et médecine, il traite du libre-arbitre.

Dans la Lettre à Henry Oldenburg, diplomate et homme de science d'origine allemande, devenu premier secrétaire de la Royal Society, qui entretint une vaste correspondance avec les chercheurs, savants et philosophes les plus en avance sur son temps, il aborde la question de Dieu et des miracles.

Dans la Lettre à Isaac Orobio, (d'origine marrane, grand médecin très reconnu, physicien il trouva refuge à Amsterdam, ou peut-être à Jacob Osten) il répond à une sorte d'analyse critique du Theologico-Politicus faite par un autre de ses collègues médecins, et parle notamment de la superstition.

Dans la Lettre à Albert Burgh, protestant nouvellement converti au catholicisme, il examine la démarche de Burgh et la mesure de son engagement dans l'Église romaine.