A bordo da nave Aegis, os sonhos do jovem Emmett Trengor de se tornar um xenoarqueólogo parecem estar ao alcance. Seu mundo de artefatos replicados e histórias de civilizações alienígenas antigas é abalado quando ele encontra uma relíquia que sugere uma ligação profunda com uma cultura perdida há muito tempo. Com cabelos claros e olhos verdes curiosos, Emmett pode parecer discreto, mas sua descoberta em Xypheron IV pode mudar o destino da galáxia.

Enquanto a Aegis se prepara para um raro eclipse duplo, Emmett — com a ajuda dos reflexos rápidos de Jyron, o domínio linguístico de Lina e a mente lógica de Sylaxia — desvenda símbolos que anunciam um evento cósmico iminente. Suas descobertas são inicialmente ignoradas pelo conselho da nave e até por seus próprios pais, deixando Emmett mergulhado em dúvidas e medo de não realizar seu potencial.

Entra em cena o Dr. Fionn O'Malley, o cientista nada convencional cujo mentorado dá a Emmett a chance de provar suas teorias. Juntos, decifram um enigma celeste que revela o zigurate como um elo em uma rede de portais de teletransporte antigos — uma rede que os guerreiros Kryl'ax podem usar para iniciar uma invasão devastadora.

O Enigma do Eclipse leva os Cadetes Estelares a uma aventura arqueológica de alto risco, onde as chaves do passado podem destravar um futuro perigoso. À medida que o eclipse projeta sua sombra, Emmett e seus amigos enfrentam o maior desafio de suas vidas: impedir uma guerra galáctica antes que comece.