Par-delà l'espace et le temps, l'aventure d'Unico continue. Tandis que Zéphyr cherche encore et toujours le moyen de restaurer la mémoire de son protégé, Unico se réveille sans souvenirs dans une ville fantôme. Il y fait la rencontre d'une souris futée nommée Garapachi, et se lie d'amitié avec Chiko, une jeune fille qui souffre d'une étrange maladie. Les pouvoirs d'Unico ne cessent de grandir mais une puissance maléfique menace de détruire la ville. Unico parviendra-t-il à protéger ses nouveaux amis ? Pendant ce temps Venus, affaiblie mais plus enragée que jamais, prépare sa vengeance.