Der ehemalige Skandalstreamer Souji Enishiro, der seine geliebte Schwester verloren hat, erwacht zur "digitalen Kraft", die ihn dazu befähigt, gegen digitale Geister zu kämpfen. Er wechselt zur Schule für Geisterjäger, "Miden Gakuen", wo er erfährt, dass der Tod seiner Schwester mit K dem Einsamen, dem größten Feind des Verbands der Geisterjäger, zusammenhängt.