O Messias de Duna continua a história de Paul Atreides em Duna. Em doze anos de Guerra Santa, ele venceu os inimigos e os seus Fremen conquistaram o universo. Atreides tornou-se o imperador Muad'Dib. É quase um deus, pois é capaz de ver o futuro. Conhece os inimigos que conspiram contra ele e sabe como tencionam atacá-lo. É capaz de derrotar os seus planos, mas vê mais longe ainda. Sabe que alguns futuros prováveis podem levar ao desastre e que o caminho para a liberdade enfrenta inúmeros perigos, podendo talvez exigir o seu sacrifício.