Nanami, Sayuri, Arisu und Shou sind Ninja. Sie sind gut in dem was sie tun und das wissen sie auch. Deswegen war, "Zurück zur Akademie!", nicht der Empfang, den sich die vier Ninja-Geschwister vorgestellt haben, als sie von ihrer letzten Mission, in ihre Dimension zurückgekehrt sind. Auch nicht, das ihre Kräfte mithilfe von Siegeln geschwächt werden, damit sie keine Dummheiten anstellen können. Jetzt sitzen sie frustriert in den Schulbänken und hoffen, dass das Schuljahr einfach zu Ende geht, als ein Schüler verschwindet und Sayuri angegriffen wird. Shou wird auf eine geheime Mission geschickt und lässt Arisu und Nanami mit ihren Problemen und ihrer halbtoten Schwester alleine. Deswegen ignorieren sie auch die Anweisung, das sie sich raushalten sollen und beginnen auf eigene Faust nachzuforschen. Sie versuchen, ein Gegenmittel für das Gift zu finden, das ihre Schwester langsam dahinrafft. Versuchen herauszufinden, was mit ihren Siegeln nicht stimmt, als ein Freund der Geschwister verschwunden ist, nur Stunden bevor sie ihnen aufgetragen wurden.