Sonic und seine Piratencrew sind nicht die einzigen, die hinter dem Schmalland-Bruchstück her sind... der Chaosrat hat sich die neu entwickelte Technologie von Nine geschnappt und Rusty Rose und eine Legion von Eggforcern geschickt, um ihn sich ebenfalls zu schnappen! Sonic trifft auf Shadow, der in einem Raum zwischen den Welten gefangen ist, der "Das Nichts" genannt wird. Dort entdeckt er, dass er es war, der das Paradox-Prisma zerbrochen und damit die Realität erschüttert hat. Um seinen Fehler zu beheben, muss Sonic weiterhin die Bruchstücke bergen, die sich in den verschiedenen Trümmerwelten befinden und die zerbrochenen Teile wieder in ein Ganzes zusammensetzen. Das große Problem ist, dass Shadow einen anderen Plan hat... Anstatt dass Sonic die Welt in Ordnung bringt, plant er, es selbst zu tun.