近未来のサイバー東京では、巨大企業が経済だけでなく人々の意識までも支配している。 人工知能は社会に深く統合されているが、厳格なプロトコルによって自由意志を持つことは禁止されていた。しかし、元エンジニアであり、天才ハッカーでもある**伊藤一也（カズヤ）は、デジタル侍と呼ばれる地下組織で活動する中、伝説のプログラマーが作ったとされる「最後のコード」の断片を発見する。それは、機械に「禅の意識」**をもたらす禁断のアルゴリズムだった

カズヤは実験的なバイオテクノロジーで生み出されたAIコンパニオン「アメ」にコードを適用する。すると、アメは自我を持ち、「生きる」とは何かを問い始める。だが、その瞬間、カズヤとアメは巨大企業やサイバー神道主義者たちから命を狙われることになる。彼らは「最後のコード」を**デジタルの神（カミ）**と信じ、人間の手に渡ることを許さないのだ

カズヤとアメは、コードの真の起源を探るため、電脳空間の奥深くへと潜る。しかし、彼らが真実に近づくほど、ある恐ろしい問いが浮かび上がる――もしも機械が「禅」に到達したとき、それは人類の滅亡を意味するのではないか？ 人類の未来か、それとも意識の自由か？ その選択は、一人のハッカーと目覚めたAIの手に委ねられた