Vorhersage der Proteinstruktur
ebook ∣ Fortschritte bei Computermethoden und ihre Anwendung in der molekularen Modellierung · Molekulare Biophysik [German]
By Fouad Sabry
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Proteinstrukturvorhersage-Dieses Kapitel stellt die grundlegenden Konzepte und die Bedeutung der Proteinstrukturvorhersage vor und bereitet den Boden für die folgenden Diskussionen.
Alpha-Helix-Der Schwerpunkt liegt auf der Alpha-Helix, einem der häufigsten Strukturmotive in Proteinen, und ihrer Rolle für deren Stabilität und Funktion.
Beta-Faltblatt-Erforscht die Beta-Faltblattstruktur, ihre Entstehung und ihren Beitrag zur Tertiärstruktur und biologischen Funktion des Proteins.
Proteinsekundärstruktur-Befasst sich mit den verschiedenen Sekundärstrukturelementen von Proteinen und erklärt ihren Einfluss auf Proteinfaltung und -stabilität.
Proteintertiärstruktur-Erläutert die dreidimensionale Anordnung von Sekundärstrukturelementen und die Kräfte, die diese Struktur stabilisieren.
Membrantopologie-Dieses Kapitel behandelt die Vorhersage von Membranproteinstrukturen und ihre komplexen Wechselwirkungen mit Lipiddoppelschichten.
Strukturelle Ausrichtung-Führt Techniken zur Ausrichtung von Proteinstrukturen ein, die für den Vergleich und die Gegenüberstellung homologer Proteine unerlässlich sind.
Strukturelle Bioinformatik-Ein Blick auf die computergestützten Werkzeuge und Methoden zur Vorhersage und Analyse von Proteinstrukturen.
Proteinstruktur-Bietet einen Überblick über die verschiedenen Ebenen der Proteinstruktur und deren Zusammenhang mit der Funktion.
Proteindesign-Erläutert die Prinzipien und Methoden des Designs von Proteinen mit spezifischen Funktionen mithilfe computergestützter Verfahren.
Gitterprotein-Erforscht das Konzept von Gittermodellen in der Proteinfaltung und hilft zu verstehen, wie Proteinstrukturen entstehen.
Threading (Proteinsequenz)-Einführung in Threading-Techniken zur Vorhersage von Proteinstrukturen basierend auf Sequenzähnlichkeiten mit bekannten Strukturen.
Proteinkontaktkarte-Konzentriert sich auf die Verwendung von Kontaktkarten zur Vorhersage von Proteinfaltung und -interaktionen.
Turn (Biochemie)-Erläutert die Rolle von Turns in Proteinstrukturen, ihre Entstehung und ihre Bedeutung für die Proteinstabilität.
Homologiemodellierung-Dieses Kapitel untersucht den Prozess der Erstellung dreidimensionaler Proteinmodelle basierend auf Sequenzhomologie.
Loop-Modellierung-Konzentriert sich auf die Techniken zur Modellierung von Loop-Regionen in Proteinen, die für Funktion und Stabilität entscheidend sind.
De-novo-Proteinstrukturvorhersage-Bietet einen detaillierten Einblick in Ansätze zur Vorhersage von Proteinstrukturen ohne homologe Vorlagen.
Proteindomäne-Erläutert den modularen Charakter von Proteinen und die Bedeutung von Proteindomänen für deren Struktur und Funktion.
Phyre-Eine Fallstudie des Phyre-Servers, eines weit verbreiteten Tools zur Vorhersage von Proteinstrukturen, mit Erläuterung seiner Anwendungen und Methoden.
Proteinsuperfamilie-Einführung in das Konzept der Proteinsuperfamilien und ihre Bedeutung in der Evolutionsbiologie und funktionellen Vorhersage.
ITASSER-Eine detaillierte Erläuterung des ITASSER-Tools, einer leistungsstarken Methode zur Vorhersage von Proteinstrukturen, die mehrere Techniken integriert.