机器人的崛起使得人类在地球的处境岌岌可危，经过几次大战后，人类不得不离开地球，在宇宙中寻求生机。在机器人的第七次叛乱中，人类战败，逃离地球，生还者寥寥。之前历次被驱逐出地球的宇宙殖民者组成的"流浪兄弟会"成为仅存的地球文明。为避免如地球一般的悲剧，"流浪兄弟会"的统治者决定不再定居于行星之上，怀着对地球故乡的眷恋，星舰联盟开始在一艘艘巨型飞船上展开地球复刻计划。"亚细亚"星舰上，魔王科学家韩丹一人承担了重塑地球生态圈的任务。为建立生态平衡，韩丹创造了一种可以进行 DNA 编程的人造生物，起名"莉莉丝"，寓意——它会像古代神话中的怪物之母莉莉丝那样，给予任何死去的生命体以第二次生命，包括人类。然而在韩丹意外身故之后，莉莉丝失控了，它创造，毁灭，毁灭，创造，星舰危机开始突现。