《基因论》是摩尔根染色体遗传理论的代表之作，本书的出版标志了"基因学说"的创立。作者提出基因是组成染色体的遗传单位，是一个有机的化学实体。它能控制遗传性状的发育，也是突变、重组、交换的基本单位。《基因论》内容包括了遗传学的基本原理、遗传的机制、突变的起源、染色体畸变、基因和染色体在性别决定方面的作用等。本书总结了作者及其团队以果蝇为主要实验材料的遗传研究成果，其理论是遗传学发展史上的一次重大飞跃。