No Brasil pré-republicano, frei Barbudo narra a história de um grupo de desbravadores, liderados por José Antônio Adrien Charles Broussard, o "Coronel". Neto de revolucionários franceses, sonhava em criar um Brasil real: uma sociedade pluralista e baseada nos ideais de "Liberdade, Igualdade e Fraternidade", em oposição ao Brasil oficial, controlado pelas elites. Nessa comunidade nasce Feliciano Firmino, um jovem brilhante que, junto a frei Barbudo, tenta manter viva a visão do Coronel. Porém a chegada de um circo acaba com o isolamento do povoado, e Bambolino, um palhaço atemporal, torna-se guia nas questões filosóficas e sociais de Feliciano e frei Barbudo. Sua presença espalha o conceito do Brasil real ao resto do país, provocando reação da elite dominante.