Sonic kämpft gegen seinen Erzfeind Dr. Eggman um einen mysteriösen Edelstein namens Paradox Prisma. Der Kampf steigert sich in einem Energieblitz zu einem Höhepunkt und Sonic verliert. Er wacht allein in New Yoke City auf – einer mechanisierten Albtraumwelt, die von Dr. Eggman beherrscht wird. Sonic stellt mit Entsetzen fest, dass New Yoke City eine Parallelwelt von Green Hill ist, in der sein "bester Freund" Tails ein Untergrund-Einzelgänger namens Nine ist, der sich nicht an Sonic zu erinnern scheint. Gerade als Sonic das zaghafte Vertrauen von Nine gewinnt, werden sie vom Chaos Kommitee gefangen genommen!