En diciembre de 2023 el Ministerio de Educación de Chile le otorgó el Premio Nacional de Ciencias de la Educación a Juan Eduardo García-Huidobro por su destacada contribución a la educación del país. Formó parte de distintos procesos de reforma del sistema educacional en Chile y en Latinoamérica, destacando particularmente su aporte al desarrollo de la educación popular y la justicia social, convirtiéndose en un referente en la promoción de una educación inclusiva y equitativa.