Bobagens anônimas um enigma para o exército do Condomínio Pérola tem como núcleo as aventuras dos dois protagonistas: o narrador e sua colega Raquel. Em textos escritos nas carteiras de sua sala de aula, eles descobrem uma troca de mensagens enigmáticas. Agindo como detetives, seguem pistas e descobrem uma relação entre as mensagens e um ato de vandalismo no Colégio Professor Esmeraldo Meireles, onde cursam o 6º ano. Aprofundando as investigações, descobrem um plano ainda mais assustador. O que fazer para enfrentar esse enorme desafio?