人体肠道微生物是混合的微生物，微生物在肠道内与宿主共生。这群数以亿计的微生物及其代谢产物在人体的能量代谢、胃肠道功能、先天性免疫和获得性免疫、营养物质消化、吸收等方面发挥着极其重要功能。人体微生物在同一个体不同部位、不同个体、不同环境因素或随着时间变化存在显著差异，但是确与与宿主之间存在着长期的共栖共生的稳态平衡。当人体肠道细菌失调、受损或某种原因导致肠道微生物与宿主之间的这种稳态平衡被打破，就会诱发胃、肠道疾病、肠道肿瘤、肥胖等。因此，肠道微生物对于人类健康是极其重要的。为明确肠道微生物与人类疾病间的相互作用，包括皮肤疾病、口腔疾病、胃肠道疾病、呼吸道疾病、肠道细菌相关的代谢疾病、肥胖、免疫缺陷相关疾病等，以及相应的致病机制和研究现状进行详尽介绍。