De retour à Néo Yoke City, Sonic découvre que l'armée de résistants créée par Rebelle et Knucks n'a pas cessé de grandir. Cependant, Nine n'est pas au rendez-vous : il s'est enfui avec le cristal d'énergie, laissant ses amis aux mains des Egg Forces ! Sonic va-t-il réussir à retrouver le renard, et à regagner la confiance des rebelles ?