La séparation des fonctions de justice répressive est un principe fondamental de procédure pénale selon lequel la poursuite, l'instruction, le jugement ne sont pas exercés par les mêmes magistrats. Cette règle subit en fait de nombreuses atteintes dues à la nécessité d'assurer une justice rapide et une justice adaptée à la personnalité de chaque délinquant. La séparation de la poursuite et de l'instruction, la séparation du jugement d'avec la poursuite et l'instruction sont étudiées successivement. A propos de chacune de ces questions, les applications pratiques de la séparation, puis les atteintes portées à la règle font l'objet de développements.