Le premier tiers de cet ouvrage est consacré au concept de milieu intérieur à partir duquel Claude Bernard, par un effort proprement philosophique, libéra la physiologie d'un physicalisme réductionniste et d'une anatomie fortement teintée de vitalisme. Dans une deuxième partie nous avons voulu montrer que Claude Bernard n'a pas inventé la méthode expérimentale, mais démontré la nécessité d'utiliser, en physiologie, des outils conceptuels et méthodologiques adaptés à l'étude du vivant dans sa spécificité. Enfin, nous avons examiné, textes à l'appui, une question qui traverse, non sans de multiples contradictions, toute l'œuvre du physiologiste, celle de sa définition de la vie dans ses aspects évolutifs. Nous proposons que cette difficulté rencontrée par Claude Bernard à penser « positivement », au sens comtien du terme, les deux processus vitaux de développement et d'évolution relève de l'absence d'une science de l'hérédité encore à venir.