Il libro è strutturato in tre filoni: il diario di un ragazzo di famiglia borghese, Enrico Bottini, che riporta sulla pagina in prima persona episodi e personaggi della sua classe scolastica durante un anno in terza elementare, nell'anno scolastico 1881-82 presso una scuola di Torino; il filone epistolare, cioè le lettere che il padre scrive a Enrico, il protagonista; infine il filone narrativo, coi famosi «racconti mensili» del maestro elementare su varie storie, sempre interpretate da fanciulli. L'unità dei tre filoni è assicurata da un sentimento profondo, che anima la tensione educativa e morale della storia, davvero nata col cuore, al quale il titolo celeberrimo del libro aderisce.