Igor krijgt werk aangeboden op een geheime afdeling van de FSB, die zich bezighoudt met het elimineren van verdachte burgers. De slachtoffers, schijnbaar lukraak uitgekozen, worden eerst verhoord en daarna vermoord. Igor vraagt zich af wat ze misdaan hebben.

In De afdeling wordt een luguber, pessimistisch beeld geschetst van het Rusland in het tweede decennium van deze eeuw. Er is sprake van gewenning aan absurd geweld, normalisering van zinloze wreedheid en geestelijke afstomping bij degenen die blindelings opdrachten uitvoeren, waarbij schuldgevoelens worden weggespoeld in stromen wodka.

Ironisch genoeg is De afdeling ook een onweerstaanbaar humoristische roman vol heerlijke scènes uit het dagelijkse leven, fijne psychologische observaties en gevatte dialogen. De sfeer is hier en daar zelfs gemoedelijk, maar dit is bedrieglijk, voortdurend is er een onheil voelbaar.