第2作『虚ろな街』で、ミス・ペレグリンを救うばかりか、仲間たちを次々に見失ったジェイコブとエマは、ついに敵の要塞があるタイムループに潜入する。次々に襲い掛かる怪物たち、敵と味方が入り乱れる心理戦、時空を超えたジェイコブとエマの恋...。そして、「魂の図書館」での最終決戦の末、世界に平和は訪れるのか?傑作ダークファンタジーシリーズ、ついに完結！
再び捕らわれの身となったジェイコブとエマは、コールの最後の陰謀を知り愕然とする。コールは、古いタイムループに存在する「魂の図書館」を探し出し、保管されている古代の強力なピキューリアの魂を手に入れようとしていたのだ。世界の支配を目論むコールと、ジェイコブとエマの最終決戦がついに始まる。そして二人の未来の行方は?