يعدّ تفسير النسائي ذا قيمة علمية وفقهية وحديثية كبيرة ، فهو إلى جانب تقدمه زمنيا على المصنفات التي تناولت التفسير مستقلا يتميز هذا المصنف بتفرده بكم كبير من النصوص النبوية والسلفية ليست في غيره من المصنفات وهذه ميزة عظيمة ـ خاصة وأن معظم كتب التفسير الموثقة بالأسانيد إما مفقود أو مخطوط. والمخطوطة إما كاملة أو ناقصة ، وكلاهما إما يسهل قراءتها والاطلاع عليها أو يصعب ويستحيل ، حسب مكانها وخطّها. واتسم كتاب «التفسير» من السنن الكبرى للإمام النسائي بجودة التصنيف ، وحسن الترتيب ، وانتقاء الترجمة للحديث من آيات القرآن ، أو بما يناسبها من التراجم المنتقاة التي يستقيها ويستخرجها من الحديث أو الآية.فقد يترجم بآية معينة عامة ، ثم يورد تحتها النصوص العامة ، ثم يتبعها بما يخصصها أو ينسخها ؛ لئلا يحدث ذلك خللا عند القارئ المطلع ، ولئلا يحشر النصوص في سورة واحدة أو تحت آية واحدة.كما اتسم تفسيره أيضا بالوحدة الموضوعية ، فإنه لم يدخل في تفسيره سوى ما يتعلق بتفسير الآيات المرادة من الحديث المرفوع أو الموقوف. وإسناده النصوص النبوية والموقوفات إلى قائليها ، وهذه ميزة عظيمة قلّما تجدها في مصنفات المتأخرين