中学生となっても、電子探偵団は健在。オーストラリアからまどかも参加して、難問珍問入り乱れ、電子捜査会議は相変わらずの面白さ。ある日のこと、マコトが同級生から聞いた都市伝説がきっかけで、みずきとともに、風浜湾にある廃工場を訪れる。｢リリパット･チョコレート工場｣という名のそこに幽霊が出るという噂があるんだけれど、はたしてそこで二人が見たものとは......。