あの世界的名探偵のひ孫、ホームズ4世と協力し、マジックの最中に誘拐されたまどかを救出した電子探偵団だが、事件は未解決のまま。真犯人の正体は? そして、その狙いとは!? 過去からつながる事件の謎に団員たちは近づくことができるのか? 難しい暗号にも挑戦だ! まどかとうり二つの美少女･千波、リスザルに、ジュゴン、ナポレオンフィッシュなど、豪華な登場人物(?)も勢ぞろい!