潜水士の資格を取得するために、仲間達とともに過酷な訓練を乗り越えていく仙崎大輔(せんざき･だいすけ)。そんな仙崎達に課せられた最終訓練は、相棒(バディ)だった工藤始(くどう･はじめ)の死亡原因である｢40m緊急浮上｣だった。彼らは工藤の想いを背負いながら海中へ挑んでいく――。そして、仙崎が復帰した巡視船｢ながれ｣は、辰鳥島沖で不審船の追跡を開始する。しかしそれは、ただの追跡では終わらなかった......。