江戸時代中期、阿波徳島の藩主、蜂須賀重喜（しげよし）を黒幕として倒幕の陰謀があると疑った幕府は、隠密の甲賀世阿弥（よあみ）を送って動向を探らせるが、世阿弥は10年このかた行方知れずになる。幕府は隠密、法月弦之丞(のりづきげんのじょう)を、世阿弥の消息を探り、阿波藩の動静をあらためて探るため派遣する。だが、弦之丞はたちまち、お十夜孫兵衛、スリの見返りお綱という正体不明の者たちに跡を追われる。世阿弥は捕えられ、剣山の山牢に幽閉されていた。そして探り当てた阿波の秘密を遺書ともいうべき血で書いた「秘帖（ひじょう）」にまとめていた！　弦之丞と阿波藩の剣客たちは「秘帖」をめぐって熾烈な戦いを繰り広げる...