フロリダに住む孤独な少年ジェイコブ。彼の唯一の理解者が、古い写真とともに「おとぎ話」を聞かせてくれた祖父だった。ある日、祖父が「何か」に襲われ、凄惨な死を遂げる。ジェイコブは彼の最期の言葉に従い、ウェールズの島を訪れる。そこには「おとぎ話」通りに"同じ時間"を生きる奇妙なこどもたちと不思議な女性ミス・ペレグリンがいた。